MR T1 görüntüleme klinikte rutin olarak yapılmaktadır. Bu çekimlerin bazıları ise volumetrik olup değişik sekanslarda yapılmaktadır. Bilindiği üzere beyin içerisinde thalamus duyuların entegresyanu ilgili önemli bir yapılardan birisidir. Thalamus başta şizofreni, esansiyel tremor ve multiple sclerosis olmak üzere çok sayıda psikiyatrik ve nörolojik hastalıklarda hacimsel değişiklikler göstermektedir. Bunun dışında anatomi eğitiminde thalamus çekirdeklerinin anlatılması ve şekiller ile açıklanması da zordur. Aynı zamanda thalamus çekirdeklerine derin beyin stimülasyonları da yapılmaktadır. Günümüzde farklı yazılımlar kullanılarak thalamus ve thalamus çekirdeklerinin hacimleri ölçülmektedir. Bu yazılımların bazıları otomatik bazıları ise yarı otomatiktir. Bu kursta otomatik olarak kullanılan ve bilimsel geçerliliği tüm dünyada kabul görmüş Volbrain/DeepThalamus kullanılarak thalamus çekirdeklerinin parselasyon haritaları elde edilecektir. Volbrain web adresine (https://www.volbrain.net/) girilerek önce kayıt oluşturulacaktır. VolBrain, MR T1 görüntülerinin yüklendiği ve sonuçların birkaç dakika sonra elde edildiği ücretsiz bir bulut sistemidir. MR T1 datasını volbraine yüklemeden önce Mr cihazından alınan DICOM görüntüler mricron ile sıkıştırılmış niftii (gz) formatına çevrilmesi ve tek bir dosya oluşturması da gerekmektedir.

Volbrain’den indirilen sonuçlar ITKSnap ile üç boyutlu görüntülenecek ve kayıt edilecektir. Aynı zamanda burdan STL formatında kayıt edilen üç boyutlu STL formatındaki dosyalar direk üç boyutlu yazıcılardan da çıktı alınabilmektedir. Kursa katılan katılımcılar volbrain sistemi ile dosyalarını yükleyecek, hacim sonuçlarını elde edecek ve ITKSnap ile de üç boyutlu görüntüleyebileceklerdir. Konu ile ilgili bu sistem kullanılarak beyinle ilgili tüm hastalıklarda thalamus çekirdek hacimlerinin değişip değişmediğini göstermek için tez, yayın ve proje yapılabilir.